El jesuita Blas Valera, con sangre hispano-inca, uno de los primeros defensores de los derechos ancestrales de su pueblo, había cometido el error de escribir en libertad a favor de la emancipación indígena, fomentando el conocimiento de las lenguas nativas y encontrando evidentes similitudes entre los cultos originarios y el cristianismo. No fue el único.
La Compañía de Jesús, Orden religiosa que fundó San Ignacio de Loyola, tenía teóricamente esa vocación ecuménica para acercarse a los pueblos, pero sus propias estructuras de poder, donde la obediencia era la ley suprema, marcaban los límites, que Valera no quiso o no supo calibrar, sufriendo por ello las consecuencias en forma de castigo inquisitorial.
Él, que había intentado impregnar de un racional acercamiento de culturas a europeos y nativos; divulgado por primera vez vocabularios en quechua, comprensibles para los españoles; que había dejado escrita la historia y costumbres del pueblo inca en latín, se vio forzado a abandonar sus tierras andinas, para cumplir destierro al otro lado del océano Atlántico, en Cádiz, sometido a movimientos restringidos, aunque por algún tiempo ejerció como maestro en el Colegio Jesuita de la ciudad y como confesor, sólo de hombres, porque también se le acusó, tal vez para poder justificar el atropello de su exilio, de tener cierta debilidad hacia las mujeres.
Lienzo acuchillado en el asalto inglés a Cádiz. Iglesia de Santiago, Cádiz
En Cádiz, Blas Valera pudo dejar ultimadas algunas obras por las que ha pasado a la Historia y que un hábil contemporáneo, también peruano, residente en Córdoba y célebre autor, el Inca Garcilaso de la Vega, logró adquirir a través de un amigo, el jesuita Pedro Maldonado de Saavedra, que pudo obtenerlas del mismo Valera, ya en la Casa de la Compañía de Cádiz o en Málaga, tras el asalto inglés. En los Comentarios Reales, la obra más conocida del Inca Garcilaso, éste cita a Blas Valera en cincuenta y cinco ocasiones como fuente principal de sus estudios para copiar sus textos, y hace referencia a los destrozados papeles del historiador, plagiándolos en dicha obra, en once ocasiones.
Fuera como reconocimiento a la labor de Blas Valera, o como simple apropiación de los citados papeles, con su acción, el Inca Garcilaso de la Vega propició, sin embargo, que esa historia llegase hasta nuestros días.
Iglesia de Santiago, antiguo templo de la Compañía de Jesús, en Cádiz.
Lo acreditado en documentos oficiales de la propia Compañía de Jesús, es que Valera estuvo en Cádiz hasta la fecha del asalto inglés de junio y julio de 1596 en que la ciudad fue saqueada, destrozados los archivos y quemadas imágenes y templos, aunque los invasores dieron a los vecinos de segundo nivel y sin valor que se pudiese cuantificar como rehenes, la posibilidad de huir de la ciudad, con las pertenencias que pudiesen llevar sobre sí.
Centenares de personas, Valera entre éstas, emprendieron un penoso éxodo en las embarcaciones disponibles en la bahía gaditana y desde la desembocadura del río Guadalete. La marea humana se esparció desesperada hacia El Puerto de Santa María, Rota, Puerto Real o Jerez y desde esos lugares, a otras poblaciones del Sur peninsular, como Sevilla, Granada y Málaga.
En los anales de la Compañía de Jesús figura el fallecimiento del